同一建设工程项目另行订立的建设工程施工合同与经过招标备案的合同的实质性内容不一致的，以招标备案的合同作为结算依据。在实务中，部分观点认为，不论发包人与承包人就同一建设工程项目签订了多少分合同以及合同的效力如何，均应严格依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条进行判定，该规定是为了维护建筑市场公平竞争秩序，防止当事人通过签订“黑白合同”作为不正当竞争的手段，损害国家、社会公共利益和个人利益。因此，发包人与承包人只能依据中标备案合同作为工程款结算依据。
【参阅案例】
【洛阳宝安房地产开发有限公司与洛阳市技改建安工程有限公司建设工程施工合同纠纷（2012）民申字第1539号】
案情简介：宝安公司与建安公司就同一工程项目，分别于2003年12月9日和2004年2月9日签订两份不同的《建设工程施工合同文本》，其中2004年2月9日签订的《建设工程施工合同文本》是经招标备案的合同。
法院认为：依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定:“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。上述法律和司法解释中的规定是为了维护建筑市场公平竞争秩序，防止当事人通过签订“黑白合同”作为不正当竞争的手段，损害国家、社会公共利益和个人利益。本案当事人另行订立的合同，即2003年12月9日的《建设工程施工合同文本》，虽然是当事人真实意思表示，也签订在中标合同之前，在中标合同之后还进行了重新确认和补充，但其合同形式不合法，不论其是否被实际履行，均不产生变更经过备案的2004年2月9日《建设工程施工合同文本》的法律效力。当事人签订中标合同后，经双方协商一致，可以变更合同内容，但应当及时到有关部门备案，如果未到有关部门备案，就不能成为结算的依据。因此，本案应当以2004年2月9日签订的《建设工程施工合同文本》作为工程款结算依据。