（1）同一建设工程项目另行订立的建设工程施工合同未改变经过招标备案的合同的实质性内容，应视为补充协议并作为结算依据。在建设工程施工合同中，所谓黑合同对白合同造成实质性的改变，主要是指两份合同在工程价款、工程质量或工程期限等三个合同实质性内容方面是否进行了重大修改，补签合同中对工程价款、质量、工期的约定并非一定是对中标合同的实质性改变，如果是对中标合同实质性内容的补充，则补签合同不应视为黑合同。
【参阅案例】
【上诉人陇西县隆盛粮油加工有限责任公司与上诉人甘肃弘德永兴建筑安装工程有限责任公司、原审被告李文斌建设工程合同纠纷（2016）甘民终391号】
案情简介：2011年7月24日，弘德公司中标后，与隆盛公司签订中标备案的建设工程施工合同（以下简称中标合同）；2011年7月21日，弘德公司与隆盛公司签订建设工程施工合同（以下简称补签合同），该合同的签订时间为2011年7月21日，但该合同的实际签订时间是在中标合同之后，通过中标合同的约定内容即可反映出补签合同是于中标合同后签订的。
法院认为：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。虽然工程价款、工程质量和工程期限是建设工程合同的实质性内容，是对当事人之间利益影响很大的因素，但双方在签订中标合同时对合同价款约定为可调价，同时约定可调价款调整方式和调整因素，中标合同约定的结算价款因工程价格存在调整，约定的工程总价款并不是最终结算价款。双方补签合同正是对价款调整方式及调整因素作出工程价款最终的约定，补签合同中对工程价款的约定不是对中标合同工程价款的实质性改变，而是对中标合同工程价款的补充。因此，补签合同中工程价款的约定应作为工程结算的依据。
（2）同一建设工程项目另行订立的建设工程施工合同与经过招标备案的合同的实质性内容不一致的，以实际履行的合同作为结算依据。依据《中华人民共和国招标投标法》相关规定，建设工程的对外承包在满足一定条件时需经招投标程序，若发包人与承包人在招投标过程中存在违反《中华人民共和国招标投标法》的强制性规定的情形时，经招标备案的合同应被认定为无效合同，因此，招标备案合同的补充协议及另行订立的建设工程施工合同亦应认定为无效合同，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷意见适用法律问题的解释》第二十一条适用的前提是中标合同有效。在就同一建设工程分别签订的多份施工合同均被认定无效后，按照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷意见适用法律问题的解释》第二条的规定，仍应参照合同约定结算工程价款。具体参照哪一份合同，则应从平衡双方当事人的利益关系、便于审理的因素考虑，根据当事人的真实意思和实际履行情况决定。
【参阅案例】
【广西桂凯建筑工程有限公司与乐业县嘉乐房地产开发有限公司建设工程施工合同纠纷（2016）最高法民申1285号】
案情简介：发包人嘉乐公司与承包人桂凯公司就同一工程项目先后共签订三次不同的合同，第一份合同于2006年4月22日签订，第二份合同为中标备案合同于2006年6月13日签订，第三份合同于2008年5月10日签订。
法院认为：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷意见适用法律问题的解释》第二十一条适用的前提是中标合同有效。在就同一建设工程分别签订的多份施工合同均被认定无效后，按照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷意见适用法律问题的解释》第二条的规定，仍应参照合同约定结算工程价款。具体参照哪一份合同，则应从平衡双方当事人的利益关系、便于审理的因素考虑，根据当事人的真实意思和实际履行情况决定。2008年5月10日合同是双方真实意思的表示，亦是双方实际履行的合同，故以其作为工程款结算的依据是正确的。