加班费支付义务不因单位制度规定而免除。
取得劳动报酬权是劳动者劳动权利的核心内容。加班费是劳动者延长工作时间的工资报酬，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，既要遵循合法性原则，也要符合合理性原则，避免因规章制度违反上述原则给自身带来用工风险。
《劳动法》第四十四条第二项规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，用人单位应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。从该条规定来看，用人单位在安排劳动者休息日加班之后，应当及时安排劳动者补休，未安排补休的，则应支付相应的加班费，而非劳动者不“申请”补休则“过期作废”。
此外，《劳动合同法》第二十六条第一款第二项规定，用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的，该劳动合同无效或部分无效。同理，用人单位利用规章制度的规定，免除自身法定责任，排除劳动者权利的，即使该制度已向劳动者公示或告知，亦因显失公平而对劳动者不具有约束力。