（一）劳动关系认定难
劳动关系存在与否是劳动争议纠纷案件审理中的起点和难点。在关联企业独立用工、指派用工或交替用工情况下，劳动者在某一特定时间段内的劳动关系一般可以找到唯一的用人单位。在关联企业独立用工但人事管理混同的情况下，虽然用工管理实际归属于某一企业，但劳动合同签订、社会保险缴纳、工资发放由不同的主体进行，事实劳动关系的认定条件分散在各个关联企业之间，因多家关联企业这一整体并不能作为现行法律规范下适格的用人单位，在案件证据无法帮助确认哪一家企业更具有用人单位的特征时，关联企业的独立性就会成为阻碍劳动关系认定的难题。
在关联企业交叉/同时用工情形下，劳动者同一时间段内同时受多家关联企业的管理，其劳动成果归属于多家关联企业，劳动者与各个关联企业之间的用工形态均符合建立事实劳动关系的特征，在现行劳动法律法规未明确承认多重劳动关系的情况下，如何确认用人单位主体亦十分困难。
(二) 劳动合同签订认定难
关联企业用工形态的复杂化，导致了用人单位主体的不唯一，对于劳动合同签订的相关认定问题提出了诸多新的挑战：
在劳动者与关联企业中一家签订劳动合同后至另一家工作时，后一企业是否需要重新与劳动者签订劳动合同？劳动者在关联企业间连续签订劳动合同，是否可以重复约定试用期？劳动者工作岗位、工作内容、工资待遇等保持不变，关联企业要求劳动者变换劳动合同用人单位主体时，是否属于《劳动合同法》第46条第5项规定的“用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同”，劳动者是否有权拒绝续签并主张经济补偿金？劳动者先后在关联企业工作、与不同企业签订劳动合同，在判断是否满足签订无固定期限劳动合同时，劳动者在关联企业的工作年限、签订劳动合同次数是否应当累计？
就签订无固定期限劳动合同条件而言，审判实践对此观点就不尽统一。
广东省高级人民法院认为，用人单位通过设立关联企业，在与劳动者签订劳动合同时交替变换用人单位名称恶意规避《劳动合同法》第14条的行为，应当认定为无效行为，劳动者的工作年限和订立固定期限劳动合同的次数仍应连续计算。江苏省高级人民法院在陈某诉某智库公司劳动争议案件中认为，两家公司虽然有投资关联，但均是独立承担民事责任的法人主体，陈某自愿与前一单位解除并入职后一单位，其先后与两家单位签订劳动合同，不构成与同一家单位连续订立二次固定期限劳动合同情形。
（三）连续工作年限认定难
关联企业用工情况下，劳动者对应的用人单位主体不唯一，当最后一家企业与劳动者之间的劳动关系终止或解除，劳动者主张经济补偿或赔偿金时，最后一家企业往往以其对劳动者在关联企业间用工事实不知情、劳动者从前企业离职时提交了“因个人原因离职”的辞职报告等为由，抗辩劳动者在关联企业的工作年限不应连续计算。
由此，劳动者在关联企业的工作年限是否属于《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第46条规定的“非因劳动者原因”变换用人单位应当累计计算工作年限的情形，是审判实践面临的又一难题。
（四）关联企业间的责任分担认定难
关联企业用工案件中，劳动者的诉讼目的均是要求相对方履行支付工资、社会保险待遇或经济补偿金、赔偿金等金钱给付义务，为了保证其权利最终能够得到实现，越来越多的劳动者要求关联企业承担连带给付责任。
然而，连带责任必须由法律规定或者当事人约定，关联企业用工并非劳动法律法规所规定的应当连带责任的情形，关联企业亦不可能与劳动者约定对其权益承担连带责任，判令关联企业对劳动者承担连带给付义务，缺乏明确的法律依据和具体的裁判尺度。
现有生效判决在判断关联企业是否需要对劳动者承担连带责任时，均未引用具体的法律条文，但审理思路、裁判尺度大相径庭：有的从关联企业间是否存在交叉用工等混同用工行为进行评价，存在混同用工则需承担连带责任，否则不承担；有的从关联企业是否存在人格混同角度评价，人格混同则承担连带责任，否则不承担；有的从用人单位转换是否系劳动者本人意愿角度评价，认为非因劳动者本人原因变换用人单位的，关联企业应当对劳动者的经济补偿金或赔偿金承担连带给付责任。