股东纠纷律师提醒：股权转让协议方面的风险主要有以下两点：
1.形式不规范
（1）未订立书面股权转让协议。交易双方达成股权转让合意是股权转让法律关系成立的基础。
一般而言，股权交易较为重大，且内容复杂，故有必要订立书面股权转让协议，以更为清晰地展现交易双方的意思表示，减少纠纷。
实践中，存在以下两类不规范的协议形式：一类是口头协议，另一类是未单独订立股权转让协议，仅在股东会决议中包含了股权转让内容。
股权转让纠纷案件反映，交易双方发生争议时，一方当事人往往会利用前述不规范的协议形式，否认双方间已达成股权转让合意或主张股东会决议包含的股权转让内容不可诉。
在口头协议情形下，法院通常综合双方间磋商过程、实际履行情况等予以判定，主张已达成合意的一方存在举证不能的风险；
在股东会决议中包含股权转让内容的情形下，法院倾向于认为，股东会决议与股权转让协议存在主体及内容差异，前者系标的公司股东间就公司治理达成的合意，后者系股权交易双方就股权转让事宜达成的合意，股东会决议原则上不可诉，仅在决议形成的权利义务属于合同法调整范畴的例外情形下，才部分可诉。
由此，混淆股东会决议与商事平等主体间的股权转让协议，会给股权转让的实现造成不必要的障碍。
（2）股权转让协议签署瑕疵。多起案件反映，股权转让协议因一方或双方未签字而被认定未成立。
另外，委托他人代办股权工商变更登记、代为签署股权转让协议的情况在实践中较为普遍，且通常缺少规范的委托授权手续。
交易一方在后期不愿意履行股权转让协议时，常利用前述签署上的瑕疵，以冒名签署为由，主张协议并非其真实意思表示。在没有事实辅证存在有效代为签署行为的情形下，法院原则上认定股权转让协议因未真实签署而无效。
（3）就同一股权转让签订数份内容相异的协议。
一类是交易双方在缔约或履行过程中形成数份书面协议，但未明确数份协议间是否构成变更、替代，因而产生以何者为准的争议；另一类是交易双方出于避税目的，形成一份专门用于工商登记备案的股权转让协议，集中表现为股权转让款价格低于实际履行的价格。
此类出于避税目的形成的协议，本身因具有避法属性或是构成双方虚伪意思表示而存在效力瑕疵，且在履行过程中,受让方常依据工商登记备案的协议，主张少支付股权转让款。
此类案件中，法院多以探寻交易双方真实意思为出发点，结合磋商过程、协议缔结时点的股权估值、实际履行情况等作综合认定。
（1）股权转让协议约定不明。
一类是未作约定。遗漏股权转让款数额，支付方式与时间，变更登记办理时间，违约责任等股权转让协议主要条款，易引发履行标准，甚至是股权转让合意达成与否的争议。
另一类是约定表述不明。交易双方虽就某一事项作出约定，但表述歧义或是意思不明确。有一起案件反映，双方当事人在同一股权转让协议中就多个标的公司的股权转让予以打包转让，但未明确各个标的公司股权的具体对价。后因其中一个标的公司股权转让发生纠纷，双方就违约金的计算基数为整体股权转让款，抑或系争标的公司对应的股权转让款而产生争议。
（2）混淆转让主体，将标的公司列为股权转让方。
实践中，有限责任公司与股东人格区分不明显的现象较多，这在一人有限责任公司领域表现得尤为明显。这种不当的公司治理理念反映在股权转让中，便表现为股东意志与公司意志的等同，将股权转让方列为标的公司。
《中华人民共和国公司法》（以下简称《公司法》）第142条严格限定公司收购本公司股份的情形、程序、转让及注销时间。
由此，在股权转让法律关系中，除标的公司员工股权激励计划、处置回购的本公司股份等特殊情形外，股权转让义务的主体为标的公司股东，而非标的公司本身。
在公司股东转让股权场合，不当地将股权转让方列为标的公司，容易产生转让主体及协议有效性争议。
此类案件中，法院原则上认为，标的公司本身并不享有自己的股权，以标的公司名义与受让人签订的股权转让协议违反《公司法》规定，应属无效。
另有判决依照股权转让款收取方为标的公司股东、股权转让协商过程等实际履行情况认定法律关系的主体为标的公司股东。