证据矛盾既可能影响单个证据真实性，又可能影响全案证据的充分性。故证据矛盾分析应贯穿证据审查及事实认定全过程。
（一）单证审查层面
证据是否反映事实，是否具备真实性，判断标准在于证据内容是否合理，而这又是由证据内容是否符合情理、是否符合逻辑等决定的。因此就要求司法人员在审查单个证据时，要在仔细审查证据合法性和证据细节的基础上，注意审查证据内容是否自相矛盾、证据内容与情理是否存在矛盾，从而初步判断单个证据的真实性和证明力。
1.审查证据内容是否自相矛盾
证据内容自相矛盾，是指单一证据来源或证据载体提供出相互矛盾的信息，即证据内容的不同组成部分之间有不一致之处。真实的证据内容，是案件事实的真实反映，其内容应前后一致、稳定协调、符合逻辑。而虚假的证据内容是案件事实的虚假反映，其内容难免“捉襟见肘”，存在不合逻辑之处。因此，一般而言，证据内容一致的证据比证据内容不一致的证据具有更高的可信度。故审查证据内容是否自相矛盾,可以为司法人员判断证据是否虚假提供依据。
2.审查证据是否与情理存在矛盾
情理，是指寓于人的日常生活，与人们的普遍情感相关联的道理。证据内容与情理是否协调，其蕴含的情理因素的强或弱，直接关系证据的真实性以及证明力的强弱。证据内容如果符合情理，则可信度较高；反之，则存在较大的虚假可能性。因此，审查证据内容与情理是否存在矛盾,也是判断证据真伪的重要途径。
（二）综合分析层面
证据综合分析的目的，就是要确认全案证据是否相互印证，是否存在矛盾或差异。为了辨析矛盾的特性并寻找解决矛盾的方法，需要对证据矛盾进行分类。依据证据矛盾与案件基本事实的关联性强弱，证据矛盾可以分为基本性证据矛盾和非基本性证据矛盾。基本性证据矛盾，是指直接关涉案件基本事实能否认定的证据矛盾。非基本性证据矛盾，又可以称为枝节性证据矛盾，是指仅仅关涉某些案件细节，与案件基本事实关联性较弱的证据矛盾。依据证据矛盾是否可以得到合理解释，证据矛盾又可以分为根本性证据矛盾和非根本性证据矛盾。根本性证据矛盾，是指相关证据对于同一证明对象的证明内容存在根本性的不一致，而且这种不一致不能得到合理解释的情形。非根本性证据矛盾，又叫差异性证据矛盾，是指关联证据虽存在不相印证的情况，但可以作出合理解释的情形。证据综合分析环节，要根据不同类型证据矛盾的性质和意义，具体问题具体分析。
1.要在充分查证的基础上，有效排除根本性证据矛盾
凡属基本事实、基本证据上的矛盾绝不容许有半点马虎，必须通过扩大侦查面，认真查证，真正达到“去伪存真”的目的。这是解决基本证据之间根本性证据矛盾唯一正确的途径和方法。通过证据调查排除根本性证据矛盾，应当特别注意两点：一是平等地对待矛盾各方，在两个方向上同时开展工作，避免先入为主地确定排除对象。二是应当以扩大侦查面，补充收集证据为手段来查证事实、排除矛盾，不能以“合理想象”来代替证据判断，避免“闭门造车”。
2.要充分运用日常经验，合理解释差异性证据矛盾
证据矛盾会增加判断证据的难度，但是由于主客观因素的高度复杂性，高度吻合的证据在实践中不常见。证据矛盾只要能够得到合理解释，就属于证据差异，不影响事实认定。合理解释本质上属于溯因推理，涉及想象或者创造性思维的合理运用。但需要注意的是，合理解释是立足于案件事实、证据的解释，不是凭空作出的解释，必要时应当通过进一步扩大侦查、调查范围，根据新收集的证据验证合理解释是否符合案件事实。
3.着眼案件基本事实，适度容忍非基本性证据矛盾
在理想状态下，对全案事实都应当查清，全案证据矛盾都应当逐一排除，但是由于司法资源的有限性，在基本事实能够被证据充分证实的情况下，应当容许案件在某些非基本事实上存在模糊之处、在某些次要证据之间存在一些矛盾和差异（因与基本事实、证据无关，可称作“枝节性证据矛盾”）。为防止诉讼拖延，在案件基本事实清楚的情况下，对于个别不影响定罪量刑，对案件正确处理没有影响的细枝末节问题方面存在的证据矛盾，可采取“求同存异”的办法，不再进一步查证。