实践中，有的企业为了管理便利，除法人章外还刻有人事章、财务章等多枚业务公章，业务章与法人章混同使用，并由不同部门和人员管理，企业没有将所有公章进行集中统一管理，也未对各业务部门的职能和负责人员的职责进行明确规定，导致多种乱象的产生。
如部门负责人越权出具收入证明、奖金承诺等书面证明，据此向用人单位主张高额赔偿。部分企业提成管理制度、奖金制度不规范，奖金发放、提成核算往往仅凭负责人口头承诺，再加上合同章、财务章没有进行统一管理，或用章随意性大，人事、会计等业务核心人员可能利用使用公章的便利，为自己或他人出具提成明细，奖金分配承诺等协议，并加盖财务章或人事章。还存在部分用人单位在员工入职时，与劳动者签订的劳动合同仅加盖有人事章，进而引发劳动者不认可劳动合同效力，而向用人单位主张未签订书面劳动合同二倍工资的诉讼。
深圳律师提醒内部管理不规范易导致不利诉讼结果。
部分公司没有建立规范的档案管理、文件保存制度，许多重要的材料往往是由高管人员直接保存管理。高级管理人员能接触到核心业务，也有公章使用的便利。审判实践中，高管人员在诉讼中出具许多加盖公章的对其有利的证据材料。用人单位往往主张公章系由高管人员私自加盖，未经公司授权同意，不能代表公司的真实意思。但根据书证的认定规则，劳动者提供加盖有公章的材料，应推定书面证据的真实性。如果用人单位主张公章系由高管私自加盖，应由用人单位就公章保管、私自加盖承担举证责任。但用人单位往往很难就此提供证据，从而导致案件结果对公司不利。
相关劳动争议诉讼中，用人单位多对公章的真实性提出异议，并申请司法鉴定。然而实践中，公司的人事章、财务章等业务章，一般都是为了内部管理使用而刻制，并没有在工商管理部门备案。在鉴定程序时，由于缺乏双方认可的鉴定检材，导致无法进行真伪鉴定。还有的案件中，公司有两枚不同公章，也就是所谓的注册章和内部使用章，并且两枚章同时混合使用，这也使检材无法确定，不能通过鉴定对公章真实性进行认定。
深圳律师就规范管理提出以下建议：
“企业健全管理机制，防止公章被他人私用而侵害公司的利益有诸多途径。”如做好公章保管、使用登记造册，通过公司章程、员工手册明确法定代表人的权限，明确高级管理人员薪酬、职责范围，通过办公系统将相关制度进行公示告知。如果企业管理人员在明知存在用章权限的情况下，仍然恶意串通私自加盖公章出具对其有利的材料，属于有违忠实义务，相关证据无效；充分利用信息化手段转变管理方式，建立线上公章使用管理系统，从公章申请、审批、盖印都做到有迹可寻，解决举证困难的问题。
司法实践中，企业高管的代表行为涉及到公司法与劳动法的交叉适用，高管既是劳动者也是代表企业的管理者，正是基于高管的特殊身份，在案件审理中，法院也会适度分配劳动者与用人单位的举证责任，平衡双方的权利义务。